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师子成为了南匈奴单于，那些投降的北匈奴人因受安国之恩、师子之欺，他们很不乐意。所以他们集合了五六百人，准备夜袭师子。幸亏汉将王恬率兵及时赶到，夜袭失败。但经此一战之后，降胡与师子之间的矛盾更加激化，终于导致15部20余万人皆反，胁立师子的堂弟、前单于屯屠何之子、薁鞮日逐王逢侯为单于，正式与师子分道扬镳！他们杀略吏民、焚烧邮亭庐帐，出塞北去，准备重新建立北匈奴。
9月，刘肇命光禄勋邓鸿行车骑将军事，与越骑校尉冯柱、度辽将军朱徽、乌桓校尉任尚率四万大军前去讨伐逢侯。而南单于师子这时正与杜崇驻兵牧师城，等着汉朝大军到来，便一齐挥师北伐。谁知逢侯竟先发制人，率万余骑前来攻打牧师城。
11月，邓鸿率大军来到西河郡美稷县，逢侯急忙解围撤兵，往五原郡满夷谷退去。师子派自己的儿子率兵万骑、杜崇率四千骑，与邓鸿大军会合，一路追击逢侯至大城塞，斩首4千余人。接着，任尚更率鲜卑、乌桓之兵继续追击至满夷谷，又是一场大胜，前后共斩首17千余人。逢侯率残兵出塞北逃，汉兵未能远追，选择退兵回国…这样，本来一个好好的南匈奴，又分裂成了南、北二部。
本年，武陵郡溇中蛮叛乱，被平定。
本年，刘肇任命大司农陈宠为廷尉。陈宠执法，务从宽恕。开始改变刘秀光武中兴以来的执法刻敝之风。
本年，刘肇又想任命尚书令黄香为东郡太守。黄香推辞说自己不适宜做地方长官，还是中央这种宫台烦事适合自己。刘肇同意了，继续让黄香留任尚书令，并增秩二千石，甚见亲重。
永元7年（95）1月，邓鸿留下冯柱率虎牙营驻守五原郡，自己率大军回国。可一回去，就被弹劾率大军逗留失利，下狱论死。紧接着，朱徽、杜崇激化师子、安国二人的矛盾，又用不正当手段禁止安国上书，以致造成南匈奴离叛…这诸事也被揭发出来，二人也下狱论死。
4月1日，日食。汉和帝刘肇集合公卿、将、大夫、御史、谒者、博士、议郎、郎官集议，命众人推荐宽博有谋、才任典城者30人，全部任命为郡守、国相。7月26日，赵国易阳县地裂。9月25日，京师洛阳地震。
本年，刘肇的四伯、乐成王刘党因杀害无辜，被削去东光，鄡二县。
永元8年（96）3月14日，刘肇立阴丽华大哥阴识的曾孙**氏为皇后。赐天下男子每人二级爵位；三老、孝悌、力田者每人三级爵位；流民每人一级爵位。鳏寡孤独等社会弱势群体每人粟5斛。
4月18日，乐成王刘党去世。其子刘崇继立，但次月又马上去世。因无子而暂时国除。
19日，刘肇下诏赈济并州四郡贫民。5月，河内、陈留二郡蝗灾。
5月，南匈奴右温禺犊王乌居战反叛汉朝，率众出塞。7月，度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱奉命追击，大胜而归。将其余众2万余人安置于安定、北地二郡。7月，戊己校尉索覠准备废掉车师后王涿鞮，涿鞮认为汉朝这定是听信了车师前王尉毕大的挑唆，一怒之下，就率兵前去攻打车师前国，俘虏了尉毕大的妻子。
8月，刘肇下诏对天下刑徒减死罪一等，发往敦煌郡戍边。犯大逆者处以宫刑。各种犯罪皆可纳钱赎罪。
9月，京师洛阳蝗灾。汉和帝刘肇下诏罪己。
10月23日，六年多前以汉章帝刘炟遗诏名义复立的北海王刘威因非刘睦嫡子，又被人告发诽谤朝廷，有罪自杀。北海国暂时国除。
本年，护羌校尉贯友去世，汉阳太守史充继任之后，便征发起湟中的羌胡大军，出塞攻打迷唐。结果反被迷唐杀败，伤亡数百人。史充被罢官，由代郡太守吴祉继任。
永元9年（97）1月，永昌郡徼外蛮夷及掸国遣使奉贡。
3月，西域长史王林击斩车师后王涿鞮。
4月28日，刘肇封刘党之子刘巡为乐成王。恢复除国近一年的乐成国。
5月，汉和帝刘肇封阴皇后的父亲、屯骑校尉阴纲为吴防侯，以特进就第。
6月，天下旱、蝗之灾。30日，刘肇下诏：今年为蝗虫所伤的地区免收租赋，其他地区减半征收。山林池渔也免收租税。7月，蝗虫飞过京师洛阳。
8月，鲜卑侵犯辽西郡肥如县。辽东太守祭参因罪下狱论死。
当年，窦宪和邓叠、郭璜等人想搞宫廷政变，废掉汉和帝刘肇。窦太后应该是知道的。可当窦氏倒台，重要骨干几乎全数被灭后，窦太后却仍安然盘坐后宫，也许生死较量就在这一刻了？
生死较量？窦太后有没有这样想，没人知道。但汉朝各大门派都站成了围观姿势，只要盟主刘肇一声号令，窦太后就等着被五掌分尸了。但接下来发生的一幕，众人无不惊呆了。只见刘肇对着自己这位养母注目良久，就转身离开了。并传话道“没我的命令，谁都不许动太后”
为什么会这样？刘肇没说，众人也不敢问。就这样，窦太后毫发无损的继续在后宫呆着。双方这样僵持着，一晃就是五年多。终于闰8月14日，汉和帝刘肇的养母、窦太后去世。
窦太后病逝，最得意的恐怕就是郑众。作为刘肇的大内高手，他无时不紧绷神经。窦太后不发功、刘肇不发话，他就永远不知道这老女人的深浅。不过现在好了，她已自已蹬腿升天了，什么麻烦都省了！
宦官郑众是舒服了，可皇帝刘肇却一点都不爽！因窦太后一死，就有梁松与舞阴公主之子梁扈让堂兄梁檀来给自己的堂妹、原先被窦太后整死的梁竦之女、汉章帝的大小梁贵人告状！告状还是其次，他们竟抖出了一天大的秘密——刘肇您不是窦太后生的，梁贵人才是您亲爱的生母！
相信当今美国中情局、前苏联克格勃、以色列摩萨德的官员，能看到眼前这一幕的话，应会对汉朝的保密工作致以敬意！
这一年，刘肇已19岁，窦宪已死了五年多，可到现在，刘肇才能知晓自己的身世…那到底还有多少秘密，被埋藏在深不见底、黑不见五指的后宫中呢？刘肇不知道！
详详细细告诉皇帝身世之秘的，是太尉张酺。刘肇放声痛哭，为蒙冤死去的母亲、二姨；为怀才不遇的外祖父梁竦；也为可怜而又幸运的自己。可刘肇哭完，两眼迷茫地问张酺“现在我该怎么办”
的确，这事太难为刘肇了。他之所以灭窦氏而放过窦太后，还不是因当时刘肇认为那是自己的老妈？汉朝历史上，有见过杀舅舅的，没见过干掉老妈的。他喊了窦氏18年的妈，可突然间被人告知：这老妈是假的，那个梁贵人才是您亲妈。这叫他一下子怎能接受得了？
姜还是老的辣，只见张酺沉吟良久，这样回答道“不如这样，先追封梁贵人尊号，然后封梁家所有舅舅们为官”
张太尉还是没说怎么处理窦太后。于是刘肇的大姨、樊调之妻梁嫕上书说自己父亲梁竦蒙冤而死。母亲已年逾七十，与梁棠等三个弟弟远在绝域，不知死生。求皇帝垂怜。刘肇接到上书后，马上传召梁嫕进宫。两人相见，相对垂泪。刘肇下诏给大姨加号梁夫人，赏赐衣被钱帛、府宅奴婢无数。
关于怎么处理窦太后，汉朝三公集议后，联合上奏“应把窦太后的尊号废掉，且不允许她跟汉章帝葬在一起”汉朝三公这个意见，不是他们自己拍脑袋想出来的。近41年前，刘秀就下诏把吕雉贬黜，而把汉文帝刘恒的生母薄姬取代吕雉的位置，追封为高皇后…
刘肇看到三公的奏书，半天没有说话。按理说，这奏书写得有理有据，符合主旋律，刘肇应该批了呀，还犹豫什么呢？
刘肇犹豫的是：1窦太后毕竟养了自己这么多年，母子俩的感情，多少还是有的，当然舍不得下手；2当初汉章帝刘炟也不是马皇后所生，可老爹生前，就没给生母贾贵人加什么尊称，只是逢年过节送点大礼，表示感激慰问；3吕雉被贬出刘汉宗庙，那是两百年后刘秀干的事。在汉朝历史上，由养子或亲子废母亲的事，还没听说过……这三条，最后那条最重要。如刘肇真将窦太后的尊号废了，他就成了汉朝历史上第一个废母的皇帝了。做事这么高调，超乎他的想象力。接受不来，坚决不能这样办！
可这三公的奏书该怎么批复呢？刘肇突然想到了一个人：上官太后！
我们知道：上官太后是汉朝历史上年龄最小的太后。当年刘彻驾崩前，选定霍光、上官桀等辅政大臣。霍光是老大、上官桀是老二。于是老二为讨好老大，前去说亲，让自己的儿子娶了老大的女儿。不久，两家就结出了政治婚姻成果，即上官。后来上官嫁给了汉昭帝刘弗陵，并在宣帝朝成了太后。
上官桀认为自己已经搞定了老大，找他办事应该没问题？可没想到霍光根本不鸟他。于是他只好翻脸造反，结果失败，所有参与造反的都不得好死。但当时的上官皇后因年纪小，没有参与反对霍光的行动，所以被放过了。
不过，刘肇要拿上官太后说事，其实就是想说窦太后没参与造反，没必要废尊称。废不废，由你说了算。可硬要说窦太后没参与造反，这个事说出去鬼都不信！但刘肇却说：就算鬼都不信，我也要说！
想了半天，汉和帝刘肇批复如下：窦太后做事节制，是朕的好母亲。依照礼教，做儿子的，不可以贬废父母。西汉也出过上官太后之事。总之，这事到此为止，不允许再有任何形式的讨论！
接着29日，窦太后被顺利下葬。这是一段不光彩的残缺人生，却换来了一个完美的结局！
8月，迷唐率八千人侵犯陇西郡，并胁迫塞内诸羌部落，组成三万大军，杀败陇西守兵，杀死大夏县长。消息传来，刘肇命刘尚、赵世二人调集汉、羌、胡大军也是三万人前去征讨。来到前线之后，任尚驻兵陇西郡治狄道县、赵世驻兵西面不到80公里的枹罕县。然后任尚让寇盱以自己的名义征调诸郡之兵前来会合，声势极盛。
迷唐被吓得急忙抛弃老弱，逃入陇西郡与武都郡交界的临洮县之南。任尚派兵追击，大败羌兵，斩首千余人。迷唐逃走，但汉兵死伤也不少，不能再追，于是收兵返回。