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10月，曹操返回邺城。而高幹趁曹操亲征乌桓之机，再次反叛。生执上党太守，派兵守住壶关口。曹操得知后，便派乐进、李典二人率兵前去征讨。
同时举兵的还有河内张晟，聚众万余，寇崤、渑之间；弘农张琰；河东卫固、范先等人。
河东太守王邑被朝廷征召，卫固、范先去见司隶校尉钟繇，请留王邑。被钟繇拒绝。卫固等人便以请王邑为名，与高幹通谋，准备反叛。荀彧向曹操推荐西平太守杜畿。曹操当即任命杜畿为河东太守。钟繇也催促王邑尽快与杜畿办完移交手续。
卫固派兵数千人守住陕县黄河渡口。杜畿数月不得渡河上任。曹操得知后，急忙派夏侯惇率兵前往。不过夏侯惇兵马未到，杜畿已想出了办法。诡道从郖津成功渡河。
卫固、范先等人决定给终于到任的杜畿一个下马威，就在杜畿面前斩杀了主簿以下30余人，却见杜畿举动自若，毫不以为意。于是卫固道“杀了他，徒留我们的恶名。且看来这个人也是很好控制的嘛”遂奉杜畿为主。
杜畿也表现出了对这些地头蛇的极大尊重：以卫固为都督，行丞事，领功曹；将校吏兵3千余人，皆由范先统帅。以这办法成功麻痹了卫固、范先等人，史称“善人在外，阴为己援。恶人分散，各还其家”
这时又正好传来消息“白骑攻东垣，高幹入濩泽”杜畿便决定乘此机会脱离卫固等人的掌握。他只率数十骑出外，官吏百姓纷纷举城来附。数十日间，已得四千余人。卫固这才知大事不妙，急忙联络高幹、张晟等人，联兵攻打杜畿，但攻不下来。曹操又命议郎张既征发马腾等关中诸将出兵，最后张晟兵败，卫固、张琰被杀，其余党羽尽皆赦免。
杜畿治理河东郡16年，治绩常为天下之最。务崇宽惠。民有辞讼，畿为陈义理，遣归谛思之，父老皆自相责怒，不敢讼。劝耕桑，课畜牧，百姓家家丰实。然后兴学校，举孝悌，修戎事，讲武备，河东遂安。
面对“政在曹氏，天子恭己”的现状，秘书监、侍中荀悦志在献替，而谋无所用，本年写下《申鉴》五篇，上奏朝廷。
206年1月，曹操命世子曹丕留守鄴城，崔琰傅之。自己则亲征高干。围攻壶关两个多月。3月，壶关终于开关投降。高幹逃往南匈奴求救，呼厨泉单于不受。高幹转欲南逃荆州，被上洛都尉王琰捕斩。至此，冀、幽、青、并四州皆被曹操平定。
曹操任命梁习为并州刺史。当时正值荒乱之余，胡狄雄张，豪强拥兵，各为寇害。梁习到任后，诱喻招纳，礼召豪强，征发丁壮为兵。吏兵已去之后，又将其家属迁徙，前后送往鄴城者达数万口。不肯服从命令的就发兵征讨，斩首千数，降附者万计。最终使得“边境肃清，百姓布野，勤劝农桑，令行禁止。长老称咏，以为自所闻识，刺史未有如梁习者”
梁习还积极向朝廷举荐避难到并州来的名士如常林、杨俊、王象、荀纬、王凌等人，曹操把他们都任命为各县县长，后皆显名于世。其中最有名的当属一个叫仲长统的人。当初仲长统游学并州，受高幹优待，咨以世事。但仲长统的直言令高幹不悦，仲长统便也辞去。高幹死后，由荀彧推荐为尚书郎。所著《昌言》，言天下治乱之道，非常有名。
7月，武威太守张猛杀害雍州刺史邯郸商。又被当地州兵杀死。
8月，曹操亲征海贼管承，来到北海国淳于县。派乐进、李典二人出击管承。管承兵败，逃入海岛。
8月，昌豨再次反叛，曹操派于禁将其击斩。
本年，汉献帝刘协下诏撤销齐、北海、阜陵、下邳、常山、甘陵、济北、平原八个诸侯国。曹操为报16年前琅邪王刘容遣其弟刘邈到长安奉贡时，盛赞曹操对皇室忠诚的这一恩德，便让刘协立刘容之子刘熙为琅邪王。恢复因刘容去世而绝国13年的琅琊国。
如今，北方基本已平定，曹操把下一个敌人锁定在了号称天下精骑的乌桓这一少数民族身上。乌桓族乘汉末天下大乱之际，攻破幽州，略有汉民10余万户。袁绍在时，曾立其酋豪为单于，并以家人之子为自己的养女，嫁与乌桓单于。在各郡乌桓之中，数辽西郡乌桓蹋顿单于实力最强，与袁绍的关系也最好。所以袁熙、袁尚兄弟逃出塞后，就去投奔蹋顿。蹋顿也数次以“欲助袁氏恢复故地”为名，出兵入塞。曹操为亲征乌桓做准备，特意于本年下令凿通平虏、泉州二渠，以做通运之用。
207年2月，曹操返回鄴城。5日，曹操奏请为跟随自己举义兵、诛暴乱17年多来的大功臣20余人封侯。尤其表奏万岁亭侯荀彧的功勋。3月，荀彧被增封千户食邑。曹操还想封荀彧三公的朝廷高位，荀彧让从侄荀攸替自己辞让了十数次，乃止。
对于曹操将亲征乌桓的决定，诸将都表示反对“夷狄贪而无亲，岂能为亡虏袁尚所用？此不足为虑。反而若刘备乘此机会，说动刘表偷袭许都，则不可不防”只有郭嘉认定曹操此次远征必定成功。而刘备即便有偷袭许都之心，刘表也断不会同意。
曹操最终决定进行这场远征。来到河间国与涿郡交界的易县时，郭嘉又劝曹操留下辎重，轻骑速进，打乌桓一个措手不及。此时郭嘉已重病垂危，曹操只能留下郭嘉在易县养病，自己率大军日夜疾进。
5月，大军到达右北平郡无终县。过了右北平郡便是辽西郡了。这时曹操急需一个向导能为大军带路。于是一个叫田畴的人进入了曹操的视线。
田畴曾是当年幽州牧刘虞的从事。刘虞被公孙瓒所杀、公孙瓒被袁绍所杀。袁绍数次遣使召田畴，并授以将军印，但都被田畴拒绝。现在曹操灭了袁绍，在邢颙的推荐下，曹操也遣使前往礼辟田畴，这次田畴召之即来。曹操大喜，当即封为蓚县县令。
7月大雨，大军不得进。曹操向田畴问计。田畴道“这条路本来就不好走，水浅时不通车马，水深时不载舟船。但旧北平郡的郡治在平冈，道出卢龙，可至柳城。不过自建武年间以来，此道已渐渐废弃，到如今已近200年了，只有小路可通。大军可改道，从卢龙口越白檀之险，出空虚之地。出其不意之下，蹋顿可不战而擒”曹操立即采纳这一建议，扬言自己将撤军。且在道旁署木为表，上刻数语“今当夏暑，道路不通。且待秋冬，再复进军”这一情况被乌桓侦骑得知，报告蹋顿。蹋顿自然认为曹操大军已退，便放松了警惕。
而曹操则命田畴为乡导，大军上徐无山，堑山堙谷五百余里，经白檀，历平冈，步鲜卑庭，直指柳城。直到柳城外二百里，乌桓人才得知了这一情报。袁熙、袁尚兄弟与蹋顿、楼班兄弟、右北平单于能臣抵之等人急忙集合起数万骑兵出战。
8月，曹操登上白狼山，见到敌军虽众，但阵形不整，便命张辽为先锋，大军奋力急攻。这一战，曹军大胜，斩杀蹋顿及名王已下。胡汉降者二十余万人。辽东单于速仆丸与袁氏兄弟仓皇逃离战场，率数千骑逃奔辽东太守公孙康。众人劝曹操趁胜进击。这时的曹操却不急“我们不用费力了。那公孙康自然会把二袁的首级送来的”
9月，郭嘉的死讯传来，曹操下令撤军。到易城亲自祭奠38岁英年早逝的这位一代军师。而正如郭嘉生前料定的那样，公孙康很快就将袁熙、袁尚、速仆丸三人的首级送了过来。诸将不禁都佩服曹操(郭嘉)的先见。曹操笑道“公孙康素畏袁氏。今二袁去投他，我若急攻，他们自然会并力拒我；我若退兵，公孙康与二袁必生矛盾。他也乐得杀死二袁，向我示好”随后，曹操下令将袁尚枭首，并传令三军“敢有哭之者斩”牵招却不顾禁令，设祭悲哭。曹操也没杀他，反而认为牵招是义士，举荐他为茂才。
此次远征历时半年，军中缺粮，杀马数千匹以充军粮；二百里无水，凿地达30余丈方得水。从柳城回来后，曹操论功行赏，封田畴为亭侯，食邑500户。田畴固辞不受。曹操又召见此前谏言反对这场远征之人，众人未知其故，人人皆惧。可出乎他们意料的是，曹操对他们也是厚赏有加，并道“孤此次远征，实是乘危以徼幸，天助孤成功。但此事可一而不可再。诸君之谏，实乃万全之计，理应相赏”
10月17日，济南王刘赟被黄巾余党所杀。
11月，曹操到达易水边。代郡普富卢、上郡那楼这两处的乌桓单于前来道贺奉贡。
本年，孙权西征黄祖，虏其人民而还。
其实诸人劝谏曹操的话也都没错，但只有郭嘉看准了问题的关键：刘备的确曾劝说刘表乘机偷袭许都，但刘表未能采纳。如今曹操大胜而还，刘表这才感到后悔“前日不用君言，坐失良机，实在可惜”刘备也只能安慰道“如今天下分裂，干戈四起。机会总会有的，只是下次别再错过了就好”
话虽如此，刘备心中仍不免郁郁。回想自汝南兵败、投奔刘表以来，自己在荆州已一呆6年多，自己今年已47岁，却还一事无成。有一次刘备入厕回来后，脸上隐有泪痕。刘表不解，便问刘备因何哭泣？刘备道“我平常身不离鞍，髀肉皆消。可到荆州这几年，久不骑马，刚才发现髀肉复生。想想日月如流，我已老了。功业却毫无建树，岂能不悲”
就在刘备发完这通感慨后不久，上天终于开始眷顾起他，给刘备送来了一位绝世人杰！一位中国历史上知名度最高、堪称智慧化身的27岁的年轻人终于登上了历史舞台：诸葛亮！
在这之前，诸葛亮一直未在历史上露面，他寓居襄阳隆中，以躬耕为乐。每自比春秋时的齐国名相管仲、战国时的燕国名将乐毅。但时人皆不以为然，只有崔州平、徐庶、司马徽、庞德公几个人看到了诸葛亮的才高八斗，于是极力向刘备推荐(庞统也和诸葛亮一样。史称“少时朴钝，未有识者。惟叔父庞德公与司马徽重之”)
水鉴先生司马徽清雅有知人之鉴，他对刘备说“一般的儒生俗士，岂识时务？识时务者在乎俊杰。此间自有卧龙诸葛孔明、凤雏庞士元也”徐庶则对刘备说“诸葛孔明，卧龙也。将军岂愿见之乎”刘备说“那你就带他来，我可以见见他”徐庶却道“此人只可就见，不可屈致。将军应亲自去求见”